Л.М. Черепнин создал один из крупнейших в Сибири Гербарий кафедры ботаники КГПУ, отнесенный к научным ценностям мирового порядка, ему присвоен международный индекс (KRAS). Он был основан в 1938 году и сейчас носит имя Л.М. Черепнина. Гербарий задуман как коллекция приенисейской флоры высших растений и первоначально был представлен в основном цветковыми растениями (хвощи, плауны, папоротники и голосеменные составляли небольшую часть коллекции) - более 50 000 образцов главным образом с территории Красноярского края, а также из Хакасии, Тывы, Дальнего Востока, Подмосковья, Чехии, Германии.

В 1953 году по инициативе М.И. Бегляновой и при поддержке Л.М. Черепнина заложен микологический отдел, включающий сборы в основном из южной части Красноярского края. Сейчас он насчитывает около 20 000 образцов.

В 1991 году А.Н. Васильевым создается бриологический отдел (более 5000 образцов). В коллекцию мхов вошли сборы, выполненные в Приангарье, на восточной окраине Западно-Сибирской низменности, в Восточном и Западном Саянах, Эвенкии.

В структуре Гербария выделяются три отдела:

• Микологический и лихонологический, насчитывающие около 10 000 единиц хранения;
• Бриологический - 4000 единиц;
• Сосудистые растения - более 47 000 единиц.

В основной научный фонд Гербария входят две именные коллекции: цветковых растений А.Л. Яворского, работавшего заведующим кафедрой ботаники с 1936 по 1941 гг., и семян хвойных пород Л.М. Черепнина, академика РАЕН. Научный фонд Гербария постоянно пополняется примерно тысячью экземплярами в год.

А.Л. Яворский стал заниматься гербарием еще в 1915 году. Будучи правой рукой А.Я. Тугаринова - известного сибирского биолога, создателя ботанической коллекции краеведческого музея, он оформлял все, что собирал Александр Яковлевич, спасая тем самым в дни революции коллекцию для потомков.

В 1932 году А. Л. Яворского приглашают на должность преподавателя ботаники в открывающийся Красноярский педагогический институт. Он организует учебный ботанический кабинет, читает курсы, проводит лабораторные и полевые практикумы, в 1936 году публикует первую в крае сводку <Ржавчинные грибы Красноярского края>. Вторую сводку о грибах <Трутовые грибы Красноярского края> Яворский смог опубликовать только через сорок лет. А.Л. Яворский внес большой коллекционный вклад (24 вида грибов) в издание эксиката <Грибы СССР>, предпринятое МОИПом.

Коллекции грибов А.Л. Яворского хранятся в краеведческом музее, Гербарии им. Л.М. Черепнина.

Кроме основного научного фонда, Гербарий имеет фонд дублетов, который используется для обмена с другими Гербариями, для оформления тематических коллекций редких, охраняемых, лекарственных и других растений, а также студентами на уроках биологии во время прохождения педагогической практики. На базе Гербария специально для учителей, студентов и школьников создан Школьный ботанический музей, в нем сосредоточены коллекции растений, иллюстрирующие краеведческим материалом школьный курс биологии растений. Для обучения студентов имеется учебный гербарий, который собирают студенты во время летних полевых практик.

Ученики Л.М. Черепнина - известные ученые, продолжившие его труд, И.М. Красноборов и Л.И. Кашина.

Л.М. Черепнин стремился привлекать сильных специалистов и сплотил на кафедре ботаники коллектив единомышленников.

Основное научное направление работы кафедры - изучение флоры высших растений Красноярского края и в целом Сибири. В рамках этой темы изучаются лесостепные районы Красноярского края, с точки зрения систематики исследуются отдельные таксоны, выполняются диссертации. А.Н. Васильевым и Н.Н. Тупицыной защищены докторские диссертации, готовится еще одна докторская диссертация Е.М. Антиповой.

Коллективом кафедры в качестве ведущей организации оппонируются кандидатские диссертации по специальностям <Ботаника> и <Экология>, представляемые ученым советам ЦСБС СО РАН (Новосибирск), Международного института леса СО РАН (Красноярск) и университетов: КрасГУ (Красноярск), ТГУ (Томск).

Фонды Гербария им. Л.М. Черепнина активно используются при издании научных трудов. Сотрудники кафедры приняли участие в подготовке 11 монографий. За последние годы выполнено 10 научных проектов, финансированных российскими и международными фондами. В 1993 году совместно с международным координационным центром кафедра принимала участие в разработке программы ILDIS. В рамках этой программы заведующая гербарием И.И. Гончарова провела ревизию данных о составе и распространении видов семейства бобовых в Красноярском крае и Хакасии. Результатом этой работы явилась сводка (бобовые Северной Евразии), изданная Королевским Ботаническим садом Великобритании. Кафедрой поддерживается международное научное сотрудничество с университетом в г. Крагуевак (Югославия), а также ежегодный обмен информацией в ходе работы Hieracium Workshop (Чехия, Германия, Австрия). В настоящее время совместно с Международным институтом леса СО РАН и КГУ ведется работа по созданию <Красной книги растений Красноярского края>.